まずLinear Workflow 正直なんやねん！って言うのは多くの方が書かれているのでここではパスします。
ざっくり言うとリニアワークフローで作業すれば特に色の処理が適切にできます。
さらに16，32bitで処理すれば、レンズブラー系やグロー系の処理をしたい時、ハイライトが適切に表現できたり、
階調の破綻によるカラーバンディングの抑制等、色の処理がしやすくなります。
しかし問題もいくつかあります32bitカラーで処理しようと思うと対応しているエフェクトも減り、処理も重くなります。
途中で設定を変えるとエフェクトの設定値等に影響も出るので基本的には初めから設定しておく必要もあります。
設定については、以下続きから
使用はAE_CS5
設定は簡単です。AEの以下のような場所からアクセスできます
ファイル→プロジェクト設定
プロジェクトウィンドウ→設定メニュー
プロジェクトウィンドウ→色深度アイコン
コンポジション（フッテージ）ウィンドウ→カラーアイコン
んで出てくるのが以下のプロジェクト設定ウィンドウを設定。
設定については色々予備知識も必要になります。制作するコンテンツに合わせた設定も必要です。
ここで長々と書いて間違ったことを書いてもあれなのでしっかりまとまっているヘルプから抜粋させてもらいます。
ヘルプはこちら ←正直こっちをじっくり見るべきだと思います。
さらにヘルプにもありますが、モニタのキャリブレーションも必要です。
キャリブレーション、カーラープロファイルについては以下が分かりやすかったです。
参考：Miyahan WEB WORLD
以下AEのヘルプから抜粋
・リニア化された作業用カラースペースは、16 bpc および 32 bpc の高い色深度で最適に機能するので、8 bpc カラーにはお勧めできません
・最良の結果を得るには、8 bpc カラーで作業しているときには、作業用カラースペースを出力時のカラースペースに
一致させます。レンダリング時に複数のカラースペースにレンダリングする場合は、少なくとも最終出力のレンダリング時に、
プロジェクトの色深度を 16 bpc または 32 bpc に設定してください。作業用カラースペースは、出力時のカラース
ペースで最大の色域を含むものと一致させる必要があります。例えば、Adobe RGB や sRGB に出力する場合、
作業用カラースペースとして Adobe RGB を使用してください。Adobe RGB には最大の色域が含まれているので、
より彩度の高い色を表すことができます。オーバーレンジの値を維持するには、広ダイナミックレンジに 32 bpc カラー
を使用します。
・SDTV NTSC または SDTV PAL は、標準精細形式 DVD など標準精細形式のテレビ放送向けのムービーを作成
している場合に最適です。
・HDTV（Rec.709）は、高精細（HD）テレビ向けのムービーを作成している場合に適しています。このカラースペースは
sRGB と同じ原色を使用していますが、色域が広いため、様々な作業に適切な作業用スペースとなります。
・リニアトーン応答曲線（ガンマ値 1.0）を使用する ProPhoto RGB は、デジタルシネマの作業に適しています。
・sRGB IEC61966-2.1 は、Web 向けのムービー、特にアニメーションを作成している場合に最適です。
-----抜粋終わり！
あとはレンダリング設定のカラープロファイルの設定もする必要があります。
レンダーキュー→出力モジュール→カラーマネージメント
詳細：出力カラープロファイルの割り当て
これらに注意することでリニアワークフロー、カラーマネージメント、が可能となります。
ちなみに32bitにしたとき対応しているエフェクトはエフェクトプリセットの設定から以下のように表示を対応エフェクト
のみにできます。まあCS5になってもかなり減っちゃうわけで・・・
AEでのリニアワークフローは結局16bitでするのがやっぱり無難って事ですかね？処理速度的にも。
とまあ、次に書く記事の補足要素として書いたので以上で簡単に済ませます。
参考
Understanding Linear Workflow
Color management workflow in Adobe After Effects CS4（PDF）
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